首先需要构建 R 的编译环境
Window 下安装 R 的顺序为 R、Rtools、RStudio。安装基本上都是默认下一步，未做太多修改，可直接安装在 C 盘的可避免调整路径的麻烦。
R、Rtools、RStudio 下载地址：https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/
R4.2.2：https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/bin/windows/base/R-4.2.2-win.exe
devtools：https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/bin/windows/contrib/4.2/devtools_2.4.5.zip
Rtools：https://cran.r-project.org/bin/windows/Rtools/rtools42/files/rtools42-5355-5357.exe
RStudio Desktop：https://download1.rstudio.org/desktop/windows/RStudio-2022.07.2-576.exe
usethis：https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/bin/windows/contrib/4.2/usethis_2.1.6.zip（之后可以在线安装）
Size: 190.49MB | Version: 2022.07.2+576 | | Released: 2022-09-21
The Premier IDE for R
安装顺序（安装过程中的出错提示见文末）：
一、安装 R
二、安装 Rtools42 for windows
三、安装 Rstudio 后启动，指定 R 的位置后进入操作界面；（RStudio 非必须安装，如果不安装 RStudio 则跳过第七步骤）；
四、R 语言 - 路径设置与工作目录修改：
方法一：一劳永逸
执行以下代码
.libPaths("D:/Program Files/R/R-4.2.2/library")方法二：使用 RStudio 窗口永久更改工作目录
Tools–>Global Options…—>Default working director (when not in a project):
修改后回到 RStudio 并重新启动
五、配置 rtools 路径
首先查看工作路径
1. 使用 getwd()函数来显示当前工作目录；
getwd()
2. 使用 setwd()函数更改当前目录；
setwd(“D:/R/Rwork”)
注意：
(1) 函数 setwd()不会自动创建一个不存在的目录。如果必要的话，可以使用函数 dir.create()来创建新目录，然后使用 setwd()将工作目录指向这个新目录。
(2)R 里的 dir.create()是不级联的，就是说一次只能创建有一个“/”的路径。如果需要两个“/”的路径，就需要用 dir.create()创建两次，然后文件才创建成功。再按照例子用 setwd()去设置即可。
(3)函数 setwd()是设置临时的工作路径。
(4)库的位置
.libPaths()
[1] “C:/Users/coral/AppData/Local/R/win-library/4.2”
[2] “D:/R/R-4.2.2/library”
方法一
进入 R Studio 里，运行以下代码
writeLines('PATH="${RTOOLS40_HOME}\usr\bin;${PATH}"', con ="~/.Renviron")没有出错就直接下一步骤，出现 In file(con, “w”) : 无法打开文件 ’C:/Users/???/Documents/.Renviron’: Invalid argument；错误的，执行方法二。
方法二
打开记事本，将 PATH=”${RTOOLS40_HOME}\usr\bin;${PATH}” 这段文字复制进去，保存到 R Studio 的工作路径下（不是安装路径！获取工作路径：在 R Studio 中运行 getwd()命令），文件名改为.Renviron，记住，不要有 txt 的后缀！
如果改名出现：必须键入文件名，请往下看，没有出错的直接下一步骤。
六、配置 Windows 的路径
以 Win10 为例，在系统 — 系统信息 — 高级系统设置 — 环境变量 —Path 编辑
编辑 R 程序所在的路径，编辑后注意放在第一、二行
七、关闭 R Studio，重新打开测试路径配置是否成功
运行 Sys.which(“make”) 这段代码，看输出是不是类似 ”C:\rtools40\usr\bin\make.exe”，具体因 rtools 安装路径而异，只要输出不是空字符串就行，表明路径配置成功。
八、手动安装 TwoSampleMR 的方法需要准备以下包 TwoSampleMR、MRInstruments、MR-PRESSO
手动安装 R 包，这里 R 包的安装顺序很重要。安装前必须要先安装好 devtools 这个包
TwoSampleMR：https://github.com/MRCIEU/TwoSampleMR
MR-PRESSO：https://github.com/rondolab/MR-PRESSO
MRInstruments：https://github.com/MRCIEU/MRInstruments
1、首先安装 MRinstruments 包：
devtools::install_local(‘./MRInstruments.zip’)
2、接下来安装 MRPRESSO 包：
devtools::install_local(‘./MRPRESSO.zip’)
3、最后，安装 TwoSampleMR 包：
devtools::install_local(‘./TwoSampleMR.zip’)
注意：最新的 0.5.6 版本可能存在报错
错误: Failed to install ‘unknown package’ from GitHub:
Timeout was reached: [api.github.com] Connection timed out after 10005 milliseconds
可以改为安装 0.4.22 版本（https://github.com/MRCIEU/TwoSampleMR/archive/refs/tags/0.4.22.zip）
devtools::install_local(‘./TwoSampleMR-0.4.22.zip’)
4、安装完毕后加载 TwoSampleMR 包，出现如下提示即成功。
> library(TwoSampleMR)
Welcome to TwoSampleMR.
[>] Full documentation: https://mrcieu.github.io/TwoSampleMR
[>] Check news(package='TwoSampleMR') for bug fixes and updates
[>] By generating access tokens to retrieve data from the MR-Base
database you consent to having your email address logged on
our servers. For info on how this is used see logging_info()最后要用到脚本实现功能，因此建议安装代码编辑器 Sublime text。
出错提示及解决方案
R 的 lib 没有被指定的解决办法
.libPaths() .libPaths(“D:/R/R-4.2.2/”)
可能安装报错提示缺少程辑包
以下包可以提前安装一遍
install.packages("fs")
fs
cli
ellipsis
lifecycle
miniUI
memoise
pkgbuild
pkgload
profvis
remotes
sessioninfo
urlchecker
usethis
如果安装报错
Error in loadNamespace(i, c(lib.loc, .libPaths()), versionCheck = vI[[i]]) :
不存在叫‘fs’这个名字的程辑包
打开 RGui（R 语言自己的界面），使用 install.packages(“fs”)命令安装程序包，然后程序包的位置会进行显示，然后点击菜单栏的程序包 -Install packages from local files…，根据提示的下载位置进行加载即可。
安装 TwoSampleMR 包提示错误
Error: Failed to install ‘TwoSampleMR-0.5.6.zip’ from local:
Timeout was reached: [api.github.com] Connection timed out after 10006 milliseconds
可以添加一个环境变量
Sys.setenv(CURL_CA_BUNDLE="C:/Users/coral/Documents/R/win-library/3.6/openssl/cacert.pem")
